Исследователи ВШЭ оценили эффективность T-клеточного иммунного ответа против 11 штаммов SARS-CoV-2 и создали портал, который позволяет отслеживать влияние мутаций коронавируса на способность главного комплекса гистосовместимости человека (HLA) взаимодействовать с пептидами вируса. Результаты исследования опубликованы в журнале Nucleic Acids Research.

Постоянно появляющиеся мутации вируса SARS-CoV-2 позволяют ему более эффективно распространяться и уклоняться от антител. Однако неясно, могут ли новые штаммы вируса скрываться от T-клеточного иммунитета — одной из главных линий защиты организма от COVID-19.

Развитие T-клеточного иммунного ответа во многом определяется генетическими факторами, в частности вариантами генов главного комплекса гистосовместимости человека (HLA). Каждый вариант гена HLA соответствует молекуле, распознающей определенный набор пептидов (кусочков белков) вируса. Существует огромное количество вариантов данных генов, и каждый человек обладает своим уникальным набором.

Эффективность развития Т-клеточного иммунитета против штаммов коронавируса индивидуальна. В зависимости от набора молекул HLA иммунная система у одних людей будет распознавать и уничтожать мутировавший вирус с той же эффективностью, что и базовый, тогда как у других это будет происходить менее эффективно. 

Ученые факультета биологии и биотехнологии ВШЭ и ИБХ РАН Степан Нерсисян, Антон Жиянов, Максим Шкурников и Александр Тоневицкий оценили генетические особенности развития Т-клеточного иммунитета к 11 основным штаммам SARS-CoV-2, проанализировав наиболее распространенные варианты генов HLA. По результатам исследования авторы разработали портал T-cell COVID-19 Atlas (T-CoV).

С помощью биоинформатики авторы исследования оценили силу взаимодействия сотен вариантов молекул HLA и десятков тысяч вирусных пептидов основных штаммов SARS-CoV-2 (альфа, бета, гамма, дельта, эпсилон, дзета, эта, тета, йота, каппа и лямбда). Ученые выделили аллели HLA с наиболее сильно изменившимся репертуаром распознаваемых пептидов вируса. По мнению ученых, носители таких аллелей могут составлять группу риска при заражении мутантным штаммом вируса.

Авторы статьи предполагают, что портал T-CoV поможет исследователям и медикам предсказывать восприимчивость людей с разными генотипами HLA к мутациям коронавируса и, возможно, прогнозировать тяжесть болезни.

«T-клеточный иммунитет задуман природой так, что разнообразие молекул HLA и Т-клеточных рецепторов не должно позволить вирусу скрыться от иммунного ответа. Наше исследование не выявило ни одного варианта генотипа HLA, в значительной степени подверженного негативному влиянию мутаций в вирусе. Это значит, что даже в ситуации, когда эффективность антител снизится, сработает Т-клеточный иммунитет», — говорит декан факультета биологии и биотехнологии ВШЭ Александр Тоневицкий.